Çoğu kişilerde ve zamanın büyük bir bölümünde bağışıklık sistemi vücudu koruma işinde başarı ile çalışır. Fakat bu sistem bazen sinyalleri yanlış değerlendirir ve aslında selim olduğu halde zararlı • antijenler olarak algılanan maddelere tepki gösterir. Bu tip reaksiyonlar allerjen olarak bilinen belirli bir yabancı madde ile (antikor üretimini uyarabilen bir antijen) belirli bir antikor (genellikle bir protein) arasında bir etkileşimi doğurabilir.
Sisteme bir allerjen girdiği zaman sistem antikorlarla (IgE tipi) bazofillerin (bir çeşit dolaşan akyuvar) yüzeyinde veya mast hücreleri (solunum ve hazım yolları ve cilt yüzeyinde bulunan bir çeşit hücre) yüzeyinde tepki gösterir.
Bazofiller ve mast hücreleri o zaman dokuya tehlikeli olarak algıladıkları allerjenle mücadele etmek için dokunun içine histamin (Tahriş edici bir sitümülan olabilen bir vücut maddesi) ve diğer zararlı kimyasal maddeler salgılar.
Bir diğer dolaşan akyuvar olan eozinofil de alerjik reaksiyona alerjik kişinin kanında ve burun ve bronş salgılarında kendi sayısını arttırarak alerjik reaksiyona katılır.
Bunun sonucu şiddet bakımından değişkenlik gösteren bir grup belirti ölür.
Histamin akciğerlere verildiğinde salgı çıkartılmasına ve hava yollarının şişme ve daralmasına yol açar. Bu durum hırıltılı nefes alma öksürük ve bazen nefes darlığına yol açar. Histamin buruna ve ender olarak sinüslere salgılandığında burun akması göz yaşarması ve burun boğaz damak ve gözlerin kaşınmasına yol açar. Histamin ciltte ür-tiker ve diğer kaşıntılı kızarıklıklar meydana getirir.