işlevsel olarak belirlemek gerekirse; erkek cinsel organlarının başlıca amacı sperm üretmek ve bunları kadın üreme sistemine taşımaktır. Kadın cinsel organlarında da görüldüğü gibi, cinsel organlar sistemi ile, boşaltım sistemi iç içedir, ikisi de aynı organları kullanırlar. Bu o kadar yakın bir bağlantıdır ki, cinsel organlardaki rahatsızlıklar boşaltım sistemini de etkiler, ya da tam tersi olur. Ürolog, erkeklerde hem cinsel hem de boşaltım sistemi hastalıklarının uzmanı olan doktordur. Kadınların idrar yolları hastalıklarıyla da ürolog ilgilenir.
Başlıca erkek cinsel organları; penis, testisler, sperm kanalı, tohum keseleri (sperm keseleri) ve prostat bezidir.
Penis cinsel bir organdır, aynı zamanda idrarı da dışarı taşır. Merkezinden geçerek penis boyunca uzanan uretra (idrar yolu) hem idrar hem de meniyi taşır. Peniste birçok kan damarı vardır. Bunlar ereksiyonu (sertleşmeyi) sağlamlar. Cinsel uyarı halinde, bu kan damarları, uretra'ya paralel olarak penis boyunca uzanan silindir biçimindeki üç süngersi çişime kan taşırlar. Bunlar kanla dolunca, penis genişler, dikleşir ve sertleşir.Testisler 5 cm. uzunluğunda iki oval organdır. Bunlar karnın altında ve penisin arkasında skrotum denilen deri bir torba içinde bulunurlar. Her testisin içinde koruyucu kapsüllerle çevrelenmiş kıvrımlı borulardan sıkıca sarılmış bir küme vardır. Testisler üreme için kullanılacak sperm hücrelerini yapmaya ergenlik çağında başlar ve bunu hayat boyu sürdürürler. Sprem üretmenin yanında testisler, erkeklik hormonu olan testosteronu da salgılarlar. Bu hormon kana karışır ve tipik fiziksel erkeklik özelliklerinin gelişmesinde önemli bir rol oynar: sakal, daha fazla kas kitleleri, kuvvet ve kalın ses gibi. Sperm üretmenin vücut ısısından daha düşük bir ısıda gerçekleşmesi gereklidir. Testislerin vücudun dışındaki konumları buna olanak sağlar. Testisleri skroturfı içinde tutan kirişler, sperm üretimi için doğru ısının sağlanmasına yardımcı olurlar. Dışardaki ısı düştüğü zaman, bu kirişler testisleri vücuda doğru, daha sıcak bir ortama çekerler. Dışarıda ısı yükseldiği zaman testisleri indirerek ısısını düşürürler.
Her bir testis içinde devamlı üretilmekte olan sperm hücreleri, testislerin tepesine yakın epididimis denilen yay gibi cisme taşınır ve sonra sperm keselerinde depolanırlar. Sperm hücreleri, sperm keselerinde oluşan sıvı ve prostat salgısının bir araya gelerek yaptığı karışım, cinsel aktivite sırasında fışkıran meniyi meydana getirir. Sperm hücreleri meninin sadece küçük bir kısmını oluşturduğu halde, tek bir boşalmada 500 milyon kadar sperm bulunur. Cinsel ilişki sonucunda bu hücrelerden bir tanesi, kadındaki yumurtaya ulaşarak onu döllemeyi başarabilir.
Prostat bezi meniye birtakım sıvılar salgılayarak katkıda bulunur. Bu sıvılar spermin vajinanın asit ortamında canlı kalabilmeleri için dayanıklılıklarını artırıyor gibi görünmektedir. Erkek yaşlandıkça prostat bezi çoğunlukla büyür. Bazen büyüme sonucunda prostat uretrayı sıkıştırır. Bu baskı idrara çıkmayı zorlaştırdığı için, ameliyatla arızanın düzeltilmesi gerekebilir. (Bu bölümde daha ilerde anlatılacak.)