Crohn hastalığının seyri bir hastadan diğerine farklılık gösterir. Crohn hastalığına yakalanmış birçok hasta da başlangıç safhasında çıkan bir iki hadiseden sonra hiçbir belirti görülmez, (asempto-matik,semptomsuz) Fakat diğer bir çoğunda tekrar tekrar karın ağrısı, ishal ve düşük tansiyon olayı yaşanır. İshal o derece sulu olur ve gitgide artan bağırsak tıkanmasının getirdiği karın ağrıları o kadar şiddetlenebilir ki yemek yememeye başlayabilirsiniz. Crohn hastalığının komplikasyonlarıçok ve çeşitlidir. Gitgide artan özellikle ince bağırsakta görülen bağırsak tıkanması Crohn hastalığında cerrahi müdahalenin en sık rastlanan nedenidir. Tıkanma belirtileri uzun zaman içinde gelişir. Anal ve rektal (anüs ve rektumla ilgili) bölgelerin içinde ve çevresinde sık sık fistül ve fisür görülür. Fistül, bağırsağın iki bölümü veya bağırsakla deri arasında oluşan anormal geçittir. Bir anal fisur anüsde veya
etrafındaki deride olan çatlak veya yarıktır. ( Anal Fisürler ve Fistuller). Fistüller oluştuğunda yemek buradan, olduğu gibi, gerekli özümleme yapılamadan geçer. Crohn hastalığında kanama da olabilir. Ancak çok miktarlarda kanama görülmez. Ekseriyetle, artan tıkanma, iltihaplı doku veya fistül ilaçla tedaviye cevap vermez ve cerrahi müdahale gerekebilir. Crohn hastalığında, bağırsakla ilgisiz belirtiler ve işaretler de olabilir. Bu az rastlanan bir durum da sayılmaz. Artrit, özellikle büyük mafsallarda veya gözün veya cildin iltihaplanması ve nadiren de safra kanalındaki iltihaplanma crohn hastalığı ile ilgili olabilir. Ayrıca böbrek taşları oluşmasına da sık rastlanır. Crohn hastalığı ilerleyen bir rahatsızlıktır. Şu sıralarda araştırmacılar aspirin gibi ağızdan verilen ve ince bağırsakta özümlenmeyen bileşimler üzerinde çalışmaktalar. Böylece bu ilaçların iltihap giderme özelliği doğrudan iltihaplı bölge üzerinde etkili olabilecek. Diğer ilaçlar da araştırılmaktadır.