Hirschsprung hastalığının en iyi tedavi yöntemi ameliyattır. Çünkü bu normal bağırsak hareketlerini kazandırır. Sonradan olan megakolonda muntazam olarak tuvalete çıkma alışkanlığı kazanmak en önemli husustur. ( Kronik Kabızlık) Doktorunuz bağırsak hareketlerinin tanzimine yardımcı olmak için tenkiye veya laksatif (mineral yağı gibi) kullanmanızı tavsiye edebilir. Bu duruma neden olan problemlerin tedavisi veya uyuşturucu bulunan ilaçların kullanılmasının azaltılması uygun olabilir.