Viral ensefalitin gidişi değişkendir. Kısa süreli ve selim karakterli olabilir veya büyük şiddetle bastırıp ciddi zihinsel tahribat yapabilir. Bu şekildeki tahribat, hafıza kaybını, tutarlı düzgün konuşma yeteneğini kaybetmeyi, adele koordinasyonu yokluğunu, felci veya duyma net görme kayıplarını içereb'ilir.
Hastalığın en akut safhası birkaç günden bir haftaya kadar sürebilir. Karakteristik ateşin süresi 4 ila 14 gün olabilir, iyileşme (ateşin düşmesi) yavaş yavaş veya birdenbire olabilir. Hastalıktan doğan nörolojik etkiler haftalar veya aylar boyunca düzelmeye devam edebilir. Çok ağır hasta kişilerin bile tamamen iyileşmeleri umulabilir.
Ölüm oranı virüsün kaynağına bağlı olarak değişir. Böceklerin taşıyarak sebep olduğu kaynaklar bir yıl düşük ölüm oranına, bir diğer yıl yüksek ölüm oranına yol açabilir.